Global Biobank analyses provide lessons for developing polygenic risk scores across diverse cohorts
The researchers assessed the performance of polygenic risk scores (PRSs) in predicting disease risk across diverse global populations using data from the Global Biobank Meta-analysis Initiative (GBMI). They constructed PRSs using two methods: pruning and thresholding (P + T) and PRS-continuous shrinkage (CS). Data from nine biobanks, including the Ontario Health Study, were analyzed for 14 different disease endpoints. Results showed that PRS-CS generally outperformed the P + T method, particularly for diseases with higher SNP-based heritability.
A comparison of machine learning algorithms and traditional regression-based statistical modeling for predicting hypertension incidence in a Canadian population
Cette étude évalue différents algorithmes d’apprentissage automatique et compare leur rendement prédictif avec des modèles conventionnels pour prédire l’incidence de l’hypertension à l’aide des données de 18 322 participants au projet Alberta Tomorrow. L’étude a révélé peu de différence dans les performances prédictives entre les algorithmes d’apprentissage automatique et le modèle conventionnel de Cox PH. Les résultats indiquent que les modèles de régression classiques peuvent rivaliser avec les algorithmes d’apprentissage automatique en offrant une bonne précision prédictive dans un ensemble modéré de données avec un nombre raisonnable de caractéristiques.
Agreement between self-report and administrative health data on occurrence of non-cancer chronic disease among participants of the BC generations project
Les données sur les antécédents de maladies chroniques autodéclarées ont été reliées à un registre des maladies chroniques (CDR) qui a appliqué des algorithmes aux données administratives sur la santé afin de vérifier les diagnostics de maladies chroniques multiples dans la province de la Colombie-Britannique.
Personalized breast cancer onset prediction from lifestyle and health history information
Cet article propose une méthode pour prédire quand une femme développera un cancer du sein (CaS) en fonction de son état de santé et de son mode de vie à l’aide des données de 18 288 femmes du projet Alberta Tomorrow. L’approche employée a fait ressortir sept caractéristiques liées au mode de vie qu’une femme peut modifier, afin de montrer comment le modèle peut prédire les effets de tels changements. Cette méthode peut être utilisée pour identifier les interventions pour les personnes ayant une plus grande probabilité de développer un CaS.
Dietary Intake and the Neighbourhood Environment in the BC Generations Project
Cette étude a examiné comment des facteurs liés au quartier, comme l’accès aux commodités et aux relations sociales, ainsi que la verdure et le potentiel piétonnier, peuvent influer sur la consommation de fruits et de légumes. ~28 000 participants du projet BC Generations y ont participé. Les gens vivant dans des quartiers où la pauvreté matérielle et sociale était plus grande étaient moins susceptibles de respecter les recommandations sur la consommation de fruits et légumes, tandis que ceux vivant dans des quartiers plus verdoyants étaient plus susceptibles de respecter ces recommandations. Les résultats mettent en évidence comment les caractéristiques multiples d’un quartier peuvent avoir une incidence sur l’apport alimentaire.
Patterns and predictors of adherence to breast cancer screening recommendations in Alberta’s Tomorrow Project
Cette étude a examiné les tendances de dépistage chez près de 5000 femmes dans le cadre du projet Alberta Tomorrow. La plupart des participantes étaient à jour pour le dépistage lors de leur inscription et du suivi, mais 21,6 % n’étaient pas à jour au moment du suivi, et 3,2 % n’y avaient jamais participé. Le fait d’avoir un médecin de famille était le prédicteur le plus puissant d’un dépistage régulier, tandis que les fumeuses actuelles étaient moins susceptibles de se soumettre à un dépistage régulier. L’étude souligne l’importance de promouvoir la sensibilisation aux recommandations sur le dépistage et au rôle des médecins de famille pour encourager les femmes à se soumettre au dépistage.
The role of ultra-processed food consumption and depression on type 2 diabetes incidence: a prospective community study in Quebec, Canada
Les chercheurs ont analysé le lien entre la dépression et la consommation d’aliments ultra-transformés (AUT) comme facteurs de risque de développer le diabète de type 2 (DT2) à l’aide de données de référence (2009-2010) de 3880 participants à CARTaGENE. Les participants ayant des symptômes dépressifs élevés et une consommation élevée d’AUT présentaient le risque le plus élevé de DT2. L’étude laisse penser que la gestion et la surveillance précoces des deux facteurs de risque pourraient être essentielles pour la prévention du diabète.
The cell-free DNA methylome captures distinctions between localized and metastatic prostate tumors
The researchers investigated how liquid biopsy using cell-free DNA (cfDNA) methylome analysis can provide insights into the biology of metastatic prostate cancer (mPCa). They analyzed plasma DNA methylomes from 60 patients with localized prostate cancer and 175 patients with metastatic disease. Their findings revealed global hypermethylation in metastatic samples, accompanied by hypomethylation in pericentromeric regions. The authors suggest that liquid biopsy offers a minimally invasive and accurate approach to assess disease progression and potential therapeutic targets in prostate cancer.
Global Biobank Meta-analysis Initiative: Powering genetic discovery across human disease
L’Initiative mondiale de méta-analyse des biobanques est un réseau collaboratif de 23 biobanques, représentant plus de 2,2 millions de participants consentants dont les données génétiques sont liées aux dossiers de santé électroniques. Cet effort de collaboration améliorera le pouvoir des études d’association pangénomiques pour les maladies, profitera aux maladies peu étudiées et améliorera la prédiction des risques.
Association of dairy consumption patterns with the incidence of type 2 diabetes: Findings from Alberta’s Tomorrow Project
Les chercheurs ont étudié la relation entre la consommation de produits laitiers et le risque de développer le diabète de type 2 (DT2) avec les données du projet Alberta Tomorrow (PAT). 15 016 femmes et 8 615 hommes ont rempli un questionnaire sur la fréquence des aliments et ont fait l’objet d’un suivi au fil du temps pour déterminer l’incidence du DT2. On a constaté qu’une consommation plus élevée de lait entier, de fromage ordinaire et de lait écrémé était associée à une diminution du risque de DT2 incident uniquement chez les hommes. L’étude indique que la combinaison de différents produits laitiers pourrait être bonne pour la santé des hommes.