Publications

Les publications qui suivent sont des exemples de recherches rendues possibles grâce aux données de CanPath et de ses cohortes régionales.

2016

A Genome-Wide Association Study to Identify Potential Germline Copy Number Variants for Sporadic Breast Cancer Susceptibility

Auteurs : Y Sapkota, A Narasimhan, M Kumaran, B. Sehrawat, S.Damaraju

L’étude visait à déterminer quels VNC (variations du nombre de copies) sont associées au cancer du sein sporadique. Les auteurs voulaient également utiliser deux algorithmes distincts d’appel de VNC pour identifier les faux positifs; enfin, l’étude visait à identifier des VNC candidates potentielles pour les études de réplication de suivi

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2015

G1 Gene-environment-lifestyle factors in breast cancer susceptibility: machine learning tools to build predictive models

Auteurs : Jay Patel, Nasimeh Asgarian, Paula Robson, Russ Greiner, John Mackey, Sambasivarao Damaraju

Cette étude espérait élaborer des modèles prédictifs pour le dépistage personnalisé du cancer du sein. Les auteurs ont été en mesure de développer de bons modèles prédictifs pour les étiologies à l’origine de maladies et on espère que leur modèle aidera à prévenir le cancer du sein.

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2015

Are Physical Activity Levels Linked to Nutrient Adequacy? Implications for Cancer Risk

Auteurs : I Cszimadi, LE Kelemen, T Speidel, Y Yuan, LC Dale, CM Friedenreich, PJ Robson

Cette étude a montré que des niveaux plus élevés d’activité physique favoriseraient une meilleure santé et des apports alimentaires susceptibles de promouvoir l’ingestion de nutriments pouvant contribuer à prévenir le cancer. Les avantages d’un niveau plus élevé d’activité physique pourraient aller au-delà de ceux que l’on attribue habituellement à l’activité physique.

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2015

Leisure-Time Physical Activity Does not Attenuate the Association Between Occupational Sedentary Behavior and Obesity: Results From Alberta’s Tomorrow Project.

Auteurs : Joshua Nicholas, Geraldine Lo Siou, Brigid Lynch, Paula Robson, Christine Friedenrich, and Ilona Csizmadi

À l’aide des données de l’ATP, l’étude a déterminé que les personnes occupant un emploi sédentaire ont un risque plus grand d’obésité qui n’est pas atténué par l’activité physique. Les femmes ayant un comportement sédentaire ne montraient pas le même risque.

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2014

The Sedentary Time and Activity Reporting Questionnaire (STAR-Q): reliability and validity against doubly labeled water and 7-day activity diaries.

Auteurs : Ilona Csizmadi, Heather K. Neilson, Karen A. Kopciuk, Farah Khandwala, Andrew Liu, Christine M. Friedenreich, Yutaka Yasui, Rémi Rabasa-Lhoret, Heather E. Bryant, David C. W. Lau, and Paula J. Robson

L’équipe de recherche a élaboré un questionnaire STAR-Q pour estimer la dépense énergétique au cours du dernier mois. Elle a examiné 102 adultes sur une période de deux semaines. Le STAR-Q a montré une validité substantielle pour estimer le temps de sédentarité professionnelle et l’activité intense, et une validité acceptable pour le classement des individus selon l’activité et la dépense énergétique.

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2014

Conditions Associated with Circulating Tumor-Associated Folate Receptor 1 Protein in Healthy Men and Women

Auteurs : Linda Keleman, James Brenton, Christine Parkinson, Hayley Whitaker, Anna Piskorz, Ilona Csizmadi, Paula Robson

Cet article examine comment la protéine FOLR1 pourrait être un moyen de détection précoce du cancer. L’équipe a utilisé l’immuno-dosage électrochimique par luminescence et conclu qu’il faudrait être prudent avant d’affirmer que le sérum FOLR1 peut détecter un cancer précoce car il n’y a pas eu d’étude produisant suffisamment de preuves pour vraiment établir cela.

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2013

Cognitive Testing of the STAR-Q: Insights in Activity and Sedentary Time Reporting

Auteurs : H Neilson, R. Ullman, P Robson, C. Friedenreich., I Csizmadi

STAR-Q est essentiellement un questionnaire qui montre comment évaluer l’activité globale et le comportement sédentaire. L’étude visait à déterminer à quel point les gens sont actifs, en utilisant les participants au projet Alberta Tomorrow.

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2013

Identification of a Breast Cancer Susceptibility Locus at 4q31.22 Using a Genome-Wide Association Study Paradigm

Auteurs : Yadav Sapkota,Yutaka Yasui,Raymond Lai,Malinee Sridharan,Paula J. Robson,Carol E. Cass,John R. Mackey,Sambasivarao Damaraju

La conception de l’étude comprenait également les 11 variantes de GWAS précédemment rapportées par divers consortiums entre les années 2007-2009 pour (i) permettre des comparaisons de la taille des effets, et (ii) identifier les variantes pronostiques putatives à travers les études. Toutes les associations rapportées de SNP avec le cancer du sein ont également été rajustées en fonction de l’indice de masse corporelle (IMC). Nous observons une forte association avec 4q31.22-rs1429142 (ratio d’incidence probable par allèle combiné et intervalle de confiance de 95 % = 1,28 [1,17-1,41] et P combiné = 1,5 × 10 (-7)), après rajustement en fonction de l’IMC.

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2013

Assessing SNP-SNP Interactions among DNA Repair, Modification and Metabolism Related Pathway Genes in Breast Cancer Susceptibility

Auteurs : Yadav Sapkota,John R. Mackey,Raymond Lai,Conrado Franco-Villalobos,Sasha Lupichuk,Paula J. Robson,Karen Kopciuk,Carol E. Cass,Yutaka Yasui,Sambasivarao Damaraju

Les résultats de l’étude fournissent un cadre pour évaluer les SNP, montrant des effets de localisation unique statistiquement faibles mais reproductibles pour les effets épistatiques contribuant à la susceptibilité à la maladie.

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2013

ETHNOPRED: a novel machine learning method for accurate continental and sub-continental ancestry identification and population stratification correction

Auteurs : Mohsen Hajiloo, Yadav Sapkota, John R Mackey, Paula Robson, Russell Greiner & Sambasivarao Damaraju

Cette étude a examiné les moyens de contourner les limites de l’ascendance autodéclarée, des marqueurs d’information sur l’ascendance, du contrôle génomique, de l’association structurée et de l’analyse des composantes principales. Les auteurs ont trouvé qu’ETHNOPRED offrait une bonne alternative.

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