Les bioéchantillons ont été donnés au moment de l’inscription des participants ou lors de campagnes de collecte ultérieures. Lorsque les participants ont donné un échantillon à CanPath, ils ont également rempli un questionnaire sur le don d’échantillons qui recueillait des informations clés telles que leur état physique, le temps écoulé depuis leur dernier repas et d’autres facteurs pouvant influencer les biomarqueurs dans le sang ou l’urine.
Si un participant ne pouvait pas fournir d’échantillon sanguin pour des raisons médicales ou géographiques, un échantillon de salive était prélevé dans la mesure du possible. Des gouttes de sang séché ont été prélevées ultérieurement dans le cadre du projet de sérologie COVID-19.
Stockage et disponibilité
- Les échantillons de sang et d’urine sont conservés à -80 °C ou -190 °C (azote liquide) dans des biobanques régionales à travers le Canada.
- L’ADN est conservé à -20 °C ou à une température inférieure.
- Les échantillons de salive ont été prélevés et conservés conformément aux protocoles régionaux. La plupart des régions ont utilisé des kits Oragene™, conservés à température ambiante conformément aux directives du fabricant avant leur traitement. La cohorte VOIE atlantique a toutefois prélevé la salive dans un récipient sans conservateur ; ces échantillons sont considérés comme des échantillons régionaux.
- CanPath conserve également des échantillons biologiques uniques, notamment des rognures d’ongles, des échantillons fécaux et du sang total et des PBMC cryoconservés.
Chaque type d’échantillon biologique est conservé conformément à des procédures opérationnelles normalisées afin de garantir la cohérence et l’intégrité de toutes les cohortes régionales. Tous les types d’échantillons ne sont pas disponibles pour tous les participants, et la disponibilité peut varier selon la région et la phase de collecte.
Conseils aux chercheurs
Cette page sert de guide de référence pour une utilisation réussie des échantillons biologiques CanPath, en mettant en évidence les méthodes d’analyse possibles, les biomarqueurs et les quantités d’échantillons suggérées. Pour obtenir des informations détaillées sur les coûts, veuillez consulter la page des frais d’accès et de recouvrement des coûts de CanPath ou contacter le bureau d’accès CanPath à l’adresse apply@canpath.ca.
Types de bioéchantillons disponibles
Les bioéchantillons de CanPath permettent de nombreuses applications de recherche dans les domaines du cancer, des maladies chroniques, de l’exposition environnementale et des études génomiques. Les sections ci-dessous présentent les types de bioéchantillons couramment disponibles, ainsi que les méthodes d’analyse types, les catégories de biomarqueurs et les volumes d’échantillons requis.
Les chercheurs qui souhaitent obtenir un aperçu technique plus détaillé, notamment les options d’analyse étendues et le nombre de marqueurs, peuvent télécharger le Guide de référence sur les bioéchantillons de CanPath (PDF), un résumé complet conçu pour faciliter la planification de projets et l’élaboration de propositions.
Télécharger le Guide de référence sur les bioéchantillons de CanPath546 KBDownload🩸 Plasma et sérum
Aperçu :
Prélevés sur les participants lors de leur inscription ou de leur suivi, ces échantillons sont idéaux pour étudier l’inflammation, le métabolisme et les marqueurs spécifiques à certaines maladies.
Analyses possibles :
- Luminex® (40 à 500 marqueurs/test) : cytokines, chimiokines, facteurs de croissance, MMP et panels spécifiques à certaines maladies.
- Panels de chimie sanguine (7 marqueurs/test) : CRP, créatinine, ALT, albumine et lipides (cholestérol total, HDL, LDL).
- RMN (~220+ marqueurs/test) : métabolomique.
- OLink (48 à 5400 marqueurs/test) : panels cardiovasculaires, oncologiques, inflammatoires, neurologiques et de processus biologiques.
- ELISA (1 marqueur/test) : cytokines, marqueurs lipidiques, mélatonine et autres tests sérologiques.
- LC-MS/HPLC/UHPLC : exposition aux pesticides, protéomique, métabolomique, lipidomique.
Volume généralement requis : 20 à 500 µL
💧 Urine
Aperçu :
Les échantillons d’urine fournissent des informations précieuses sur les expositions environnementales, les processus métaboliques et les indicateurs précoces de maladie.
Analyses possibles :
- LC-MS/UPLC : métabolomique.
- UPLC-MS/MS : toxicologie.
- ELISA : mélatonine, SPARC, survivine, SLIT-2, uromoduline.
- Panel clinique de chimie urinaire (4 marqueurs/test) : créatinine, sodium, potassium, microalbumine.
Volume généralement requis : 200 µL – 1 mL
🧬 ADN
Aperçu :
Les échantillons d’ADN CanPath permettent de réaliser un large éventail d’études génomiques et épigénétiques.
Analyses possibles :
- qPCR : niveaux d’ADNg, ADN copié, longueur des télomères.
- Séquençage du génome entier : environ 3 milliards de marqueurs/test.
- Plateforme Axiom Genotype (820 000 marqueurs/test) : marqueurs de maladie, couverture génomique complète pour les variants courants.
- Affymetrix Human SNP 6.0 Array (906 000 marqueurs/test) : SNP, détection des CNV et variants mitochondriaux.
- Infinium HTS (654 000 marqueurs/test) : backbone génomique complet, marqueurs cliniques et marqueurs QC.
- Infinium MethylationEPIC BeadChip (783K marqueurs/test) : études de méthylation de l’ADN.
Quantité typique requise : 5 ng – 1 µg
🧫 Globules rouges, sang total et PBMC
Aperçu :
Utilisés pour les études protéomiques et hématologiques. Les PBMC cryoconservés et les échantillons de sang total permettent des analyses cellulaires et par cytométrie en flux.
Analyses possibles :
- Immunoessai : HbA1c et protéomique.
- Spectrométrie de masse : protéomique et modifications protéiques.
- Cytométrie en flux : profilage immunitaire.
Volume généralement requis : ≤250 µL
💩 Feces
Aperçu :
Recueillies pour la recherche sur le microbiome et le profilage des communautés microbiennes.
Analyses possibles :
- Séquençage de l’ARNr 16S.
- Plateforme Illumina MiSeq : profilage du microbiote fécal.
🦶 Ongles des pieds
Aperçu :
Les échantillons d’ongles des pieds peuvent être analysés pour détecter des expositions environnementales à long terme, telles que l’accumulation de métaux lourds.
Analyses possibles :
- Recherche de métaux (par exemple, l’arsenic).
🩸 Taches de sang séché
Aperçu :
Prélevées lorsque la ponction veineuse standard n’est pas possible ; précieuses pour les études sérologiques et les études sur les anticorps.
Analyses possibles :
- ELISA : anticorps COVID et autres marqueurs immunitaires.
Qualité et normes
La collecte, le traitement et le stockage des bioéchantillons par CanPath suivent un ensemble de procédures opérationnelles standard (SOP) communes à toutes les cohortes régionales.
Le Comité permanent sur les bioéchantillons, dirigé par le Dr Peter Watson (directeur des services de biobanques et de recherche sur les bioéchantillons, BC Cancer ; professeur de pathologie, Université de Colombie-Britannique ; professeur adjoint, Université de Victoria), assure la supervision et l’orientation afin de garantir la coordination nationale, le partage des meilleures pratiques et la cohérence entre les régions.
Les bioéchantillons de CanPath sont conservés et gérés par des biobanques régionales au sein de chaque cohorte. Ensemble, elles forment une fédération de biobanques régionales qui soutiennent collectivement l’infrastructure de recherche de CanPath.
Treena McDonald, coordinatrice nationale des bioéchantillons de CanPath, fournit des conseils d’expert, aide à harmoniser les protocoles et les procédures des biobanques entre les régions et contribue à faciliter les projets nationaux approuvés impliquant des échantillons biologiques. Elle est également membre de l’International Society for Biological and Environmental Repositories (ISBER).
Informations supplémentaires
Abréviations
- MS = Spectrométrie de masse
- HPLC = Chromatographie liquide haute performance
- UHPLC = Chromatographie liquide ultra haute performance
- LC = Chromatographie liquide
- MRM = Surveillance des réactions multiplexes
*La précision et la reproductibilité de certains kits ELISA disponibles dans le commerce peuvent varier (Chatziharalambous et al.). Vérifiez les résultats des tests avant de sélectionner les dosages.
Prochaines étapes
- Pour en savoir plus sur l’accès aux bioéchantillons biologiques, consultez le portail CanPath.
- Pour toute question ou pour obtenir des détails sur les coûts, contactez le bureau d’accès CanPath à l’adresse apply@canpath.ca.